微量進樣器在使用前要先用丙酮等溶劑洗凈使用后立即清洗處理(一般常用下述溶液依次清洗:質量濃度微50g/L的NaOH水溶液、蒸餾水、丙酮、氯仿，最后用真空泵抽干），如發現注射器內有不銹鋼氧化物影響正常使用時，可在不銹鋼芯子上蘸少量肥皂水塞入注射器內，來回抽拉幾次就可去掉，然后再清洗即可；注射器的針尖不宜在高溫下工作，更不能用火直接燒，以免針尖退火而失去穿戳能力。以免芯子被樣品中高沸點物質玷污而阻塞；高沸點樣品在注射器內部冷凝時，不得強行多次來回抽動拉桿，以免因卡住或磨損而造成損壞；
不用時要洗凈放入盒內，不要隨便玩弄，來回空抽，特別是在將干未干的情況下來回拉動，否則會嚴重磨損，損壞其氣密性，降低準確度。注射器在使用前后要用丙酮等溶劑清洗，當試樣中的高沸點物質玷污注射器時，一般可用下列溶液依次清洗，5%氫氧化鈉，水溶液，蒸餾水，丙酮，氯仿，最后抽干，不宜用強堿性溶液洗滌。
對于10-100微升的注射器，如果針尖堵塞，宜用直徑為0.1mm的細鋼絲耐心穿通，不能用火燒的方法，防止針尖退火而失去穿透能力。
用微量進樣器液體試樣，應先用少量試樣洗滌幾次或將針頭插入試樣反復抽排幾次，并要稍微多于需要量。如有氣泡，將針頭向上，將氣泡和過量的試樣排出，用無棉的纖維紙吸去針頭的試樣。注意切勿使針頭內的試樣流失。
如不慎將注射器芯子全部拉出，應根據其結構小心裝配。
取氣體樣品也要纖細地注射器，取樣時應將注射器插入有一定壓力的試樣氣體容器中使注射器芯子慢慢自動頂出，直至所需體積以保證取樣的正確。
取樣后應立即進樣，進樣時，注射器應與進樣口垂直，插到底后迅速注入試樣，完成后立即拔出注射器，整個動作應穩當、連貫、迅速。針尖在進樣器中的位置，插入的速度，停留的時間和拔出的速度都會進樣的重復性。
